A grande diversidade de aves migratórias e residentes, a presença de colônias onde garças e colhereiros constroem seus ninhos, os planos de areia e lama e as marismas em suas margens fazem do Estuário o local perfeito para estudos da ecologia das aves. Temos investigados diversos aspectos da ecologia de biguás (Phalacrocorax brasilianus), trinta-réis (Sterna spp.), talha-mar (Rynchops niger), garças (Ardea alba, Ardea cocoi, dentre outras) , maçaricos (Calidris subruficollis, Pluvialis dominica e outras). Os estudos incluem a alimentação, poluentes e os usos que as aves fazem do Estuário.